V tu chvíli musí do hry vstoupit další proces – je to geologicky poměrně rychlý pokles mořského dna do zemské kůry. Zhruba s každými 30-40 metry hloubky pod zemským povrchem ( v ČR to je 50 i více metrů) roste teplota o 1 °C. Pokud se sedimenty, které v průměru obsahují 0,5-5,0 hmot.% organické hmoty dostanou do hloubek 2200-5500 m, tedy do teplotního rozhraní 65-150 °C, začíná postupně vznikat ropa. Za nižších teplot může vzniknout metan, ale ne ropa, a za vyšších teplot většinou vzniká organický uhlík a plyn. Ropné vrty někdy ve velkých hloubkách narazí na ložisko plynu, který je vázán v pórech hornin, jejichž zrna jsou obalena černým grafitem. Naftaři pak vědí, že objevili „vyhořelé“ ložisko ropy, které bylo pohřbeno příliš hluboko a při přirozené destilaci ropy, byla většina uhlovodíků „spálena“ na uhlík a z menší části vznikl plyn.

Teplotnímu, respektive hloubkovému rozhraní 65-150 °C (2200-5500 m) říkáme „ropné okno“ (oil window). Ropu se zatím nikdy nepodařilo uměle vyrobit ze směsi minerálů a organických látek. Je to způsobeno jednak trváním geologického času – k „uvaření“ ropy jsou zapotřebí miliony let. Dále se uplatňují složité mikrobiální reakce, a rovněž katalytický vliv jílových minerálů, oxidů manganu a dalších látek. Podle hloubky pohřbení, a tím teploty, vznikají různě zralé typy ropy (mature oils). V zásadě platí obvyklá chemická poučka, že na každých 5,5° C, tedy nějakých 150-180 m hloubky, se rychlost chemických reakcí zdvojnásobuje. Ropa v sobě obsahuje tzv. „biomarkery“ neboli indikátory svého původu. Rostlinný i živočišný plankton obsahuje několik charakteristických látek, podle kterých se dá poznat nejenom původ ropy, ale i – a to je z hlediska těžby ještě důležitější – zda spolu jednotlivá ložiska souvisí.

Již z tohoto popisu je patrné, že ropa se dá nalézt jen v určitých prostředích velkých sedimentárních pánví, ve kterých se organickými látkami bohaté horniny dostávají do těch správných hloubek. Příliš chudé zdrojové horniny, pomalé pohřbívání sedimentu nebo mělké pánevní podmínky, ke vzniku ropy nevedou. Situace je ale ještě složitější – ropu přirozeně syntetizovanou v horninovém masivu je nutné nějakým způsobem zachytit. Jinak by došlo k situaci, jako že např. destilujete slivovici, ale její páry volně unikají do ovzduší. Odhaduje se, že jenom 2-10% vzniklé ropy se v geologické historii zachytilo v nějakém druhu geologické pasti (oil trap). Téměř všechna ropa, která dosáhla zemského povrchu, byla oxidována a ztratila se v uhlíkovém koloběhu. To je hlavní důvod, proč ze starších geologických formacích známe velice málo ropných ložisek. Ropa na rozdíl od uhlí zmizela migrací na povrch. Z hlediska světových zásob ropy je pak zjevné, že geologové znají (snad s výjimkou Antarktidy) všechny velké sedimentární pánve světa, jejich stáří i mocnosti sedimentů, takže šance, že by jim v klasických terénech uniklo nějaké skutečně velké ropné pole je dnes už dost malá a stále se zmenšuje. Naproti tomu jsou velké naděje kladeny do dosud téměř neznámých hlubokomořských pánví.